Trong những năm gần đây Học viện Kỹ thuật mật mã đã có nhiều cán bộ, giảng viên làm Nghiên cứu sinh và tốt nghiệp chương trình đào tạo Tiến sỹ tại Trường Đại học Điện tử - Truyền thông Nhật Bản (The University of Electro-Communications – UEC). Trong quá trình học tập và nghiên cứu tại UEC, các cán bộ, giảng viên đã tích lũy và đóng góp nhiều kết quả và thành tựu khoa học góp phần nâng cao thứ hạng của Học viện như các công trình khoa học công bố trên các tạp chí uy tín thuộc danh mục ISI/Scopus đồng thời ứng dụng được những thành tựu nghiên cứu khoa học vào thực hiện nhiệm vụ trên các mặt công tác của đơn vị, của Ban và Ngành.

Năm 2023, để tạo điều kiện cho các cán bộ, giảng viên tiếp tục có cơ hội được học tập nâng cao trình độ chuyên môn tại Trường Đại học Điện tử - Truyền thông Nhật Bản đồng thời nhằm đảm bảo được tính khả thi, sự phù hợp của các định hướng nghiên cứu khi tham gia các chương trình đào tạo Tiến sỹ với yêu cầu nhiệm vụ của đơn vị, của Ban và Ngành Cơ yếu. Học viện Kỹ thuật mật mã đã thành lập các Hội đồng khoa học nhằm đánh giá nội dung định hướng đề tài nghiên cứu cho ứng viên.