Hiện nay, có 3 loại học bổng:
Học bổng du học: học bổng du học gồm học bổng của Ban Cơ yếu Chính phủ và học bổng của Bộ Giáo dục và Đào tạo, học bổng bao gồm 100% tiền học phí và phí sinh hoạt, sinh viên được sắp xếp công việc phù hợp tại cơ quan, đơn vị sau khi tốt nghiệp.
Thời gian xét: kết thúc học kỳ 1 của năm học đầu tiên của khóa học.
Chỉ tiêu: Học viện Kỹ thuật mật mã có tổng 20-30 chỉ tiêu (cho cả cơ sở Hà Nội và Phân hiệu Học viện KTMM tại TP. Hồ Chí Minh)
Yêu cầu: Chỉ xét cho các sinh viên năm thứ nhất; sinh viên thuộc TOP điểm tổng kết học kỳ 1 của năm học đầu tiên của khóa học; sinh viên thuộc TOP điểm đầu vào; sinh viên chấp hành kỷ luật tốt.
Học bổng học kỳ: quỹ học bổng khuyến khích học tập được bố trí tối thiểu bằng 8% nguồn thu học phí của trường, các thông tin chi tiết:
Thời gian xét: kết thúc học kỳ
Học bổng loại xuất sắc: bằng số tiền học phí của 1 học kỳ (5 tháng) x 1,4
Học bổng loại giỏi: bằng số tiền học phí của 1 học kỳ (5 tháng) x 1,2
Học bổng loại khá: bằng số tiền học phí của 1 học kỳ (5 tháng)
Yêu cầu: sinh viên học lực khá trở lên; không thi lại môn nào; chấp hành kỷ luật tốt.
Học bổng khuyến học: hàng năm trường trao suất học bổng dành cho các sinh viên có hoàn cảnh khó khăn, có ý chí vươn lên trong học tập, đạt kết quả học tập tốt.
Phân hiệu Học viện Kỹ thuật mật mã tại TP. Hồ Chí Minh thực hiện các chế độ miễn giảm học phí cho sinh viên theo các quy định hiện hành.